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認定低炭素住宅には
税制優遇などのメリットがある

低炭素住宅として認定を受けるためには、その着工前において所管行政庁へ計画の認定申請をする必要がある。この手続きは工務店やハウスメーカー、建設会社などが行う。認定を受けた建築物では、蓄電池や蓄熱槽など低炭素化に資する設備について、通常の建築物の床面積を超える部分を容積率算定の基礎となる床面積に算入しない措置が講じられる。

そして認定低炭素住宅を建築、または購入した個人に対しては、住宅ローン減税における最大控除額の拡充、登録免許税の税率引き下げといった優遇措置がある。これは平成24年度の税制改正によって導入されたものだが、低炭素化促進法の施行が平成24年12月となったため、実質的には平成25年から始まる制度と言えるだろう。

住宅ローン控除では、平成25年12月31日までに認定低炭素住宅へ入居した人を対象として、通常200万円の最大控除額（10年間合計）が300万円に拡充される。住宅の床面積が50平方メートル以上であること、取得から6ヶ月以内に居住を開始すること、借入金の返済期間が10年以上であることなどの要件は通常の場合と同じだ。登録免許税は、平成26年3月31日までに認定低炭素住宅を取得した人を対象として、所有権保存登記は一般住宅の0.15％から0.1％へ、所有権移転登記は一般住宅の0.3％から0.1％へそれぞれ軽減される。こちらも住宅の床面積が50平方メートル以上であることなどが要件となる。なお、平成25年1月24日にまとめられた与党税制改正大綱において、住宅ローン控除の拡充および4年延長に合わせ、認定低炭素住宅に対する最大控除額を100万円（10年間合計）上乗せする措置の継続が盛り込まれた。
→　税金については、「住まいの税金」住宅ローン控除、登録免許税も参照

また、住宅金融支援機構による【フラット35】Ｓでは、金利の優遇措置が受けられる住宅の省エネルギー基準に、認定低炭素住宅が追加された。こちらは法の施行日に合わせ、平成24年12月4日以降に資金を受け取る人が対象となっている。